प्रो. मिश्रा तब विवादों में आईं थीं, जब एक वीडियो में उन्होंने मुगल शासक औरंगजेब को ‘कुशल प्रशासक’ बताते हुए उसके शासन की सराहना की थी। वीडियो सामने आते ही विश्वविद्यालय परिसर में विरोध तेज हो गया। विभिन्न छात्र संगठनों ने इस बयान को आपत्तिजनक बताते हुए प्रदर्शन किया और कुलगुरु के खिलाफ लिखित शिकायतें दर्ज कराईं।

विवाद बढ़ने के बाद प्रो. मिश्रा के खिलाफ अन्य प्रशासनिक और व्यवहार संबंधी शिकायतें भी सामने आईं। इन सभी मामलों को गंभीरता से लेते हुए उदयपुर संभागीय आयुक्त की अध्यक्षता में एक जांच समिति गठित की गई थी। समिति ने जांच पूरी कर अपनी रिपोर्ट राज्य सरकार को सौंपी, जिसके आधार पर राज्यपाल ने इस्तीफा स्वीकार कर लिया।

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इस प्रकरण के दौरान राज्य सरकार के तकनीकी सलाहकार बी.पी. सारस्वत ने भी प्रो. मिश्रा के बयान पर कड़ी आपत्ति जताई थी। बढ़ते दबाव के चलते प्रो. मिश्रा ने कुलगुरु पद से इस्तीफा दे दिया था, जिसे अब औपचारिक मंजूरी दे दी गई है।

इस्तीफे के बाद विश्वविद्यालय में नए कुलगुरु की नियुक्ति को लेकर चर्चाएं तेज हो गई हैं। प्रशासनिक सूत्रों के अनुसार सरकार जल्द ही अंतरिम कुलगुरु की नियुक्ति और स्थायी पद पर चयन प्रक्रिया शुरू करने पर निर्णय ले सकती है।